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卡特利鏈霉菌線性質粒復制機制及Ⅱ型毒素—抗毒素系統的研究

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卡特利鏈霉菌線性質粒復制機制及Ⅱ型毒素—抗毒素系統的研究
論文目錄
 
摘要第1-8頁
Abstract第8-12頁
符號說明第12-18頁
第一章 緒論第18-42頁
  1.1 鏈霉菌基因組第18-22頁
    1.1.1 鏈霉菌簡介第18頁
    1.1.2 鏈霉菌特殊的基因組結構第18-20頁
    1.1.3 鏈霉菌基因組研究概況第20-21頁
    1.1.4 放線菌型整合性接合元件第21-22頁
  1.2 鏈霉菌線性質粒的復制機制第22-31頁
    1.2.1 鏈霉菌線性質粒的端粒第23-26頁
    1.2.2 鏈霉菌基因組編碼的末端蛋白和端粒相關蛋白第26-29頁
    1.2.3 鏈霉菌線性質粒的中心復制起始區第29-30頁
    1.2.4 鏈霉菌線性復制子復制過程中的末端補平機制第30-31頁
  1.3 毒素-抗毒素系統系統研究概況第31-41頁
    1.3.1 毒素-抗毒素系統的定義第32頁
    1.3.2 毒素-抗毒素系統的分布第32-33頁
    1.3.3 毒素-抗毒素系統的分類第33-36頁
    1.3.4 毒素-抗毒素系統中毒素蛋白的作用靶點第36-37頁
    1.3.5 毒素-抗毒素系統的調控機制第37-39頁
    1.3.6 毒素-抗毒素系統的功能第39-40頁
    1.3.7 毒素-抗毒素系統的應用第40-41頁
  1.4 本研究主要內容第41-42頁
第二章 材料與方法第42-67頁
  2.1 本研究中使用的培養基第42-43頁
  2.2 本研究中使用的試劑和緩沖液第43-46頁
  2.3 本研究所用菌株、質粒及引物列表第46-51頁
  2.4 實驗方法第51-62頁
  2.5 全基因組測序過程中的缺口填補的計算機方法及實驗方法第62-65頁
  2.6 全基因組注釋及相關的生物信息學分析第65-67頁
第三章 卡特利鏈霉菌DSM46488基因組完整圖譜的構建與分析第67-89頁
  3.1 引言第67-68頁
  3.2 實驗結果與分析第68-87頁
    3.2.1 DSM46488基因組的大規模測序、拼接及全基因組完整圖譜的構建第68-70頁
    3.2.2 DSM46488全基因組的基本特征第70-72頁
    3.2.3 DSM46488與其他鏈霉菌全基因組之間的比較分析第72-74頁
    3.2.4 DSM46488中1.81 Mb的復制子是巨型質粒第74-76頁
    3.2.5 DSM46488編碼的次級代謝產物生物合成基因簇第76-79頁
    3.2.6 巨型質粒與染色體之間的交互作用第79-82頁
    3.2.7 DSM46488基因組編碼的整合性接合元件第82-87頁
  3.3 本章小結第87-89頁
第四章 卡特利鏈霉菌DSM46488中巨型線性質粒pSCATT的復制起始區、末端蛋白及端粒相關蛋白的研究第89-119頁
  4.1 引言第89-90頁
  4.2 實驗結果與分析第90-118頁
    4.2.1 DSM46488中線性復制子的端粒的克隆、測序及分析第90-92頁
    4.2.2 DSM46488的基因組包含的非典型端粒第92-93頁
    4.2.3 巨型質粒編碼的潛在的末端蛋白及端粒相關蛋白第93-95頁
    4.2.4 tap2 - tpg2及tap1-tpg1分別形成操縱子結構第95-96頁
    4.2.5 tap2 - tpg2及tap1-tpg1分別負責巨型質粒的兩個不同端粒的復制第96-103頁
    4.2.6 tap2 - tpg2中的SCATT_p03430并不是端粒cpTelo復制的必需基因第103-105頁
    4.2.7 DSM46488的兩套Tap-Tp在細菌中的分布第105-107頁
    4.2.8 Tp1、Tp2、Tap1及Tap2序列分析第107-108頁
    4.2.9 Tp1、Tp2、Tap1及Tap2在大腸桿菌中過量表達第108-109頁
    4.2.10 Tp1、Tap2及Tp2在體外與cpTelo或pTelo DNA分子的結合第109-110頁
    4.2.11 Tp1及Tp2中的細胞核定位信號的功能驗證第110-112頁
    4.2.12 DSM46488端粒序列的啟動子活性第112-114頁
    4.2.13 巨型質粒pSCATT的復制區第114-117頁
    4.2.14 巨型質粒pSCATT的復制起始蛋白第117-118頁
  4.3 本章小節第118-119頁
第五章 卡特利鏈霉菌DSM46488染色體編碼的ReIBE家族的Ⅱ型毒素抗毒素系統的研究第119-151頁
  5.1 引言第119-121頁
  5.2 結果與分析第121-149頁
    5.2.1 DSM46488中Ⅱ型毒素抗毒素系統的預測第121-123頁
    5.2.2 DSM46488染色體編碼的兩套ReIBE系統第123-124頁
    5.2.3 relBE2sca在DSM46488中形成操縱子結構第124-127頁
    5.2.4 RelE2sca的表達抑制大腸桿菌MGJ5987的生長第127-129頁
    5.2.5 毒素蛋白RelE2sca與抗毒素蛋白RelB2sca之間的相互作用第129-132頁
    5.2.6 毒素蛋白RelE2sca中與活性相關的關鍵氨基酸殘基第132-134頁
    5.2.7 RelBE2sca系統的自我調控機制第134-136頁
    5.2.8 RelBE2sca系統在不同壓力條件的轉錄水平的變化第136-139頁
    5.2.9 DSM46488中蛋白酶基因在不同壓力條件下的轉錄水平第139-141頁
    5.2.10 RelB2sca受到DSM46488編碼的蛋白酶ClpPX的水解第141-144頁
    5.2.11 不同來源的RelBE系統之間的互作第144-146頁
    5.2.12 relBE2sca增強大腸桿菌質粒在宿主細胞中的穩定遺傳第146-147頁
    5.2.13 relBE2sca在常用的鏈霉菌異源表達宿主中的功能檢測第147-149頁
  5.3 本章小節第149-151頁
第六章 工作總結與展望第151-154頁
  6.1 本論文的創新點第151頁
  6.2 工作總結第151-152頁
  6.3 下一步工作及展望第152-154頁
附錄列表第154-168頁
附錄Ⅰ第155-156頁
附錄Ⅱ第156-157頁
附錄Ⅲ第157-158頁
附錄Ⅳ第158-159頁
附錄Ⅴ第159-160頁
附錄Ⅵ第160-161頁
附錄Ⅶ第161-163頁
附錄Ⅷ第163-164頁
附錄Ⅸ第164-166頁
附錄Ⅹ第166-168頁
參考文獻第168-182頁
致謝第182-184頁
攻讀博士學位期間的研究成果第184-185頁

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