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中國窗翅葉蟬亞科分子系統學研究

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中國窗翅葉蟬亞科分子系統學研究
論文目錄
 
摘要第1-8頁
Abstract第8-10頁
第一章 文獻綜述第10-18頁
1 分類研究概況第10-12頁
2 分子標記的運用第12-15頁
  2.1 分子系統學的定義及分子標記的種類第12-13頁
  2.2 線粒體分子標記第13-15頁
3 分子系統學研究概況第15-16頁
4 研究意義第16-18頁
第二章 中國窗翅葉蟬分子數據獲取與分析第18-44頁
(一)基于基因片段的分子數據特征第18-37頁
1 實驗材料第18-20頁
  1.1 標本采集、保存和鑒定第18頁
  1.2 主要實驗儀器與耗材第18-19頁
  1.3 主要實驗試劑第19-20頁
2 實驗方法和步驟第20-23頁
  2.1 基因組DNA提取第20-21頁
  2.2 PCR擴增及測序第21-23頁
3 分子數據處理和分析第23-27頁
  3.1 序列的拼接與校正第23頁
  3.2 序列的比對第23-24頁
  3.3 序列的組成分析及系統發育信號評估第24-25頁
    3.3.1 序列的組成分析第24頁
    3.3.2 R值及替換型式分析第24頁
    3.3.3 P距離(p-distance)第24-25頁
    3.3.4 替換飽和分析第25頁
  3.4 系統發育方法的選擇第25-27頁
    3.4.1 系統發育分析方法第25-26頁
    3.4.2 建樹軟件及外群的選擇第26-27頁
4 結果與分析第27-37頁
  4.1 實驗數據整理與分析第27-31頁
    4.1.1 序列組成成分分析第28-30頁
    4.1.2 R值及堿基替換分析第30頁
    4.1.3 P距離(遺傳距離)第30-31頁
  4.2 系統發育信號檢測第31-37頁
    4.2.1 P距離與R值關系第31-34頁
    4.2.2 堿基替換飽和性分析第34-37頁
(二)基于線粒體基因組的分子數據特征第37-44頁
1 實驗材料第37-38頁
  1.1 標本采集、保存和鑒定第37-38頁
  1.2 主要實驗儀器與耗材第38頁
  1.3 主要實驗試劑第38頁
2 實驗方法和步驟第38-39頁
  2.1 基因組DNA提取第38-39頁
  2.2 高通量測序第39頁
3 分子數據處理和分析第39-44頁
  3.1 序列的拼接與校正第39頁
  3.2 基因的定位與注釋第39-40頁
  3.3 生物信息學分析第40頁
  3.4 數據集的比對第40頁
  3.5 系統發育分析數據的處理第40-41頁
  3.6 白條窗翅葉蟬Mileewa albovittata線粒體基因組概況第41-42頁
  3.7 系統發育信號檢測第42-44頁
    3.7.1 P距離與R值的關系第42頁
    3.7.2 堿基替換飽和性分析第42-44頁
第三章 中國窗翅葉蟬系統發育研究第44-72頁
(一)基于基因片段的中國窗翅葉蟬系統發育研究第44-70頁
1 基于COI基因構建系統發育樹第44-48頁
2 基于16S rDNA基因構建系統發育樹第48-53頁
3 基于Cytb基因構建系統發育樹第53-57頁
4 基于COI與16S rDNA基因聯合序列構建系統發育樹第57-60頁
5 基于COI與 Cytb基因聯合序列構建系統發育樹第60-64頁
6 小結第64-70頁
(二)基于線粒體基因組的中國窗翅葉蟬系統發育研究第70-72頁
1 基于PCGs數據集構建系統發育樹第70-71頁
2 小結第71-72頁
第四章 總結與討論第72-77頁
1 基于基因片段的系統發育研究結果第72-73頁
2 基于線粒體基因組的系統發育研究結果第73頁
3 討論第73-76頁
  3.1 分類地位問題第73-74頁
  3.2 系統發育第74-76頁
4 創新點第76頁
5 研究不足第76頁
6 下一步工作第76-77頁
致謝第77-78頁
參考文獻第78-85頁
附錄 Ⅰ 基于COI、16S r DNA、Cytb、PCGs 序列及 COI 和 16S r DNA聯合序列、COI 和 Cytb 聯合序列的遺傳距離矩陣第85-91頁
附錄 Ⅱ 基于線粒體部分基因片段的凝膠電泳圖第91-94頁
附錄 Ⅲ第94-95頁

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